Como dar Baixa de Boletos

Há dois casos que geram baixa do registro de um boleto:

Se você utiliza PJBank:

Ao invalidar uma cobrança, o PJBank já envia o pedido de baixa automaticamente para o seu banco (dependendo do horário, a baixa pode acontecer no mesmo dia).
Caso você edite uma cobrança, o PJBank vai invalidar o nosso número antigo e gerar um novo.
Após 58 dias do vencimento da cobrança, o boleto vai ser baixado automaticamente.

Se você utiliza convênio com o banco (conta homologada):

Ao invalidar uma cobrança, o sistema irá gerar uma remessa com pedido de baixa da mesma. Você precisará ir em Receitas > A receber, fazer o download do arquivo e processar no site do seu banco.
O prazo de baixa após vencimento é um acordo entre a sua imobiliária e o banco que você utiliza.
Caso precise editar uma cobrança, é necessário fazer a baixa no banco, com as informações anteriores, editar no sistema e gerar uma nova remessa após edições. Ou, se houver a possibilidade de fazer a edição no banco também, é possível que você deixe lá conforme a edição no sistema, mas não é o recomendado.