As alíquotas fixas (IBS 0,1% e CBS 0,9%), na maioria dos municípios, são calculadas pela própria prefeitura com base no valor bruto da nota. Não existe regra nacional dizendo que a prefeitura deve calcular esses tributos com base no valor líquido da nota (valor bruto menos outros impostos).
Porém, vários municípios ainda não realizam esse cálculo, mesmo quando o XML já contém o código NBS e as informações de CBS/IBS.
Lembrando que os novos tributos de CBS/IBS não incidem no valor da nota.
Se você tiver dúvida sobre o comportamento da sua prefeitura, abra um chamado diretamente com o município. Depois disso, entre em contato com a Superlógica caso precise de esclarecimentos adicionais.